O Programa Brasil na Escola tem por objetivo induzir inovações e estratégias para assegurar a permanência e aprendizagem dos estudantes dos anos finais do Ensino Fundamental, apoiando a execução das metas 2 e 7 do Plano Nacional de Educação (PNE). O Programa está estruturado em três eixos: apoio técnico e financeiro às escolas, valorização de boas práticas e inovação. Está previsto, também, realização de formações, seminários, fóruns e estudos sobre o Ensino Fundamental, além de seleção de escolas para o fomento de projetos inovadores.
